Fille du physicien Albert Zylbersztejn et de Liliane Chenard, Elsa Zylberstein passe un baccalauréat littéraire et commence des études universitaires d’anglais. Attirée par le monde artistique, elle intègre en parallèle la classe libre du cours Florent de Francis Huster. C'est sur le tournage du Van Gogh de Maurice Pialat qu'elle se fait remarquer en obtenant le prix Michel Simon en 1992, ainsi que la première de ses trois nominations au César du meilleur espoir féminin.
En 2009, elle obtient le César de la meilleure actrice dans un second rôle pour son rôle dans Il y a longtemps que je t'aime.
Elle a été membre du jury dans plusieurs festivals, dont le Festival du film britannique de Dinard en 2010, ou le Festival international du film policier de Beaune en 2009 et 2015.
Elle est la compagne d'Antoine de Caunes de 1997 à 2005, puis celle du chroniqueur Nicolas Bedos de septembre 2005 à début 2008{{,}}, puis du journaliste-écrivain Georges-Marc Benamou.
Le {{date}}, Le Point annonce sa liaison avec Arnaud Montebourg, alors ministre du Redressement productif. Le 11 octobre de la même année, elle confirme sa rupture dans l'émission On n'est pas couché avec cette formule : {{citation}}.