En 2006, il reçoit le Prix du jeune écrivain de langue française pour sa nouvelle Ne rien faire, écrite à partir de son expérience de quelques mois au sein d'une association de lutte contre le VIH en Afrique. Ce texte court, qui se déroule en Afrique le jour de la mort d'un nourrisson, est une fiction autour du silence, du non-dit et de l’apparente inaction.
Fin août 2008, son premier roman, Une éducation libertine, paraît dans la collection blanche des éditions Gallimard. Il est favorablement accueilli par la critique et reçoit le Prix Laurent-Bonelli Virgin-Lire, fin septembre 2008.
Finaliste du Goncourt des Lycéens, il fait également partie de la dernière sélection du prix Goncourt 2008 (aux côtés de Jean-Marie Blas de Roblès : Là où les tigres sont chez eux (Zulma) qui recevra le Prix Médicis 2008, de Michel Le Bris : La Beauté du monde (Grasset) et d'Atiq Rahimi : Syngué Sabour. Pierre de patience (POL) à qui sera attribué le Goncourt.)
En mars 2009, Jean-Baptiste Del Amo se voit finalement attribuer le prix Goncourt du Premier Roman, à l'unanimité dès le premier tour de scrutin.
Le 25 juin 2009, c'est au tour de l'Académie française de lui décerner le prix François Mauriac.
Il est également récompensé par le prix Fénéon des Universités de Paris.
Une éducation libertine est publié en poche (Folio) au mois de mars 2010.
Il publie en 2010 un deuxième roman, Le Sel, texte contemporain situé dans le port de Sète, qui relate une journée de la vie d'une famille, au terme de laquelle un dîner doit en réunir tous les membres. Au gré de ses souvenirs, chacun se remémore l'histoire familiale et la figure d'un père disparu. Le livre est fortement soutenu par les libraires et paraît en format poche (Folio) en 2012.
Il préface également le livre d'art "Hervé Guibert, photographe", publié en France aux éditions Gallimard et en Allemagne aux éditions Schirmer/Mosel.
Les thèmes récurrents de l’œuvre de Jean-Baptiste Del Amo incluent la mort, la quête identitaire, le corps et la sexualité. En 2010-2011, Jean-Baptiste Del Amo est pensionnaire de la Villa Médicis. En 2012, il reçoit la bourse écrivain de la fondation Lagardère. En 2013, il publie Pornographia, récit d'une errance hallucinée dans la nuit d'une ville tropicale. Ce roman obtient le Prix Sade 2013. Une version en espagnol, accompagnée de photographies d'Antoine d'Agata, est éditée chez Cabaret Voltaire en 2014.
En 2015, il est lauréat de la Villa Kujoyama.
Ses romans ont été traduits en Allemagne (BTB), en Roumanie (Vellant), en Italie (Neo Edizioni) et en Espagne (Cabaret Voltaire).