Abdourahman Waberi est né dans un milieu modeste en Côte française des Somalis, l'actuelle République de Djibouti, alors colonie française. Bac littéraire en poche, il part en France poursuivre ses études en 1985, d'abord à Caen, puis à l'Université de Bourgogne à Dijon où il obtient en 1993 un DEA de littérature anglaise intitulé Poétique et politique dans les romans de Nuruddin Farah. Il commence une thèse de doctorat consacrée à l'écrivain somalien Nuruddin Farah, avant de s'orienter vers un travail comparatif entre ses romans et ceux d'Assia Djebar, qu'il n'achève pas.
À partir de 1996, il est enseignant d'anglais dans des lycées en Normandie – Lisieux puis Caen – jusqu'en 2005, en parallèle à ses premières productions littéraires.
En 2010, il est professeur invité et William F. Podlich Distinguished Fellow au Claremont McKenna College et membre du jury du prix International IMPAC Dublin Literary Award.
En 2010-2011 il est pensionnaire de l'Académie de France à Rome, à la Villa Médicis.
En 2012, il est professeur invité à l'Université d'Innsbruck en Autriche.
En juin 2012, il soutient une thèse de doctorat en langue et littérature française intitulée Fragments d'un discours africain. Approches critique et historique des littératures subsahariennes, francophones et transnationales de 1980 à aujourd'hui , sous la direction de Jean-Marc Moura à l'université Paris Ouest-Nanterre La Défense.
Il enseigne actuellement les littératures françaises et francophones et la création littéraire à George Washington University à Washington DC. Il collabore régulièrement avec Slate Afrique, Le Monde et d'autres journaux et magazines français.
Son premier ouvrage, Le Pays sans ombre, paraît en 1994. Constitué de courts textes, il brosse le portrait en kaléidoscope d'un pays terrassé par ses fièvres, ses famines et ses guerres. Il publie ensuite Cahier nomade en 1996 puis, deux ans plus tard, Balbala. Ces trois ouvrages constituent une trilogie sur son pays natal, une première pour Djibouti.
Abdourahman Waberi est alors finaliste du {{1er}} prix Unesco-Françoise Gallimard (bourse d’écriture délivrée par l’Unesco en 1998) gagné par la romancière Marie NDiaye.
Depuis, Abdourahman Waberi a écrit Moisson de crânes, consacré au génocide rwandais, et un nouveau recueil, puis Rift, routes, rails, marqué par l'exil et la dérive d'un continent dépossédé de son passé et de ses traditions. Dans ces deux livres, l'auteur souligne les déchirements et les errances de l'Afrique noire. En 2003, paraît Transit chez Gallimard, deuxième roman sur le thème de la mémoire partagée et des affres de l'exil sur fond de guerre civile. 2006 voit la parution de Aux États-Unis d'Afrique, un roman drôle qui met le monde à l'envers, entonne le chant du panafricanisme et en appelle à un monde plus juste et plus humain.
En 2004, il obtient le «Prix de littérature et de sciences humaines» au «Forum de la réussite des Français venus de loin». Il publie un récit désabusé de la remise du prix sous le titre De l’intégration ou «Français venus de loin» : les Apaches à l’Assemblée nationale.
En 2009, chez Jean-Claude Lattès, il publie Passage des larmes, récit poétique sur l'exil, le fanatisme et la géopolitique de la Corne de l'Afrique, que l'on peut lire aussi comme un hommage subtil à Walter Benjamin.
Abdourahman Waberi a été l'un des lauréats 2006, dans la catégorie littérature, de la bourse Berliner Künstlerprogramm DAAD. En 2007, il a été Donald and Susan Newhouse Humanities Fellow au Wellesley College, près de Boston.
Son œuvre est traduite en de nombreuses langues, notamment en anglais, en italien, en allemand, en serbe, en portugais, en japonais, en espagnol, en braille et certaines nouvelles en catalan, en lituanien, en somali, en grec, etc.
Dans son discours de réception du prix Nobel de littérature en 2008, Jean-Marie Gustave Le Clézio lui dédie ce prix conjointement à d'autres auteurs.
En 2009, l'Université autonome de Barcelone a réuni un colloque international sur le thème «Abdourahman A. Waberi ou l'écriture révoltée», dont les actes ont été publiés en 2014.
En 2015, Abdourahman Waberi reçoit le prix Louis-Guilloux pour La divine chanson.