Née à Glasgow le {{date}}, elle est diplômée de la National Film and Television School en 1995. Son court métrage de fin d'études, Small Deaths, remporte le Prix du Jury à Cannes en 1996. Son deuxième court métrage, Kill the Day, remporte le Prix Spécial du Jury au Festival international du court-métrage de Clermont-Ferrand en 1997, et son troisième court métrage, Gasman, remporte le Prix du meilleur court métrage au BAFTA Scotland en 1998.
En 1999, Lynne Ramsay réalise son premier long métrage, Ratcatcher, qui est présenté au Festival de Cannes dans la section Un Certain Regard. Bien accueilli par la critique, ce film remporte plusieurs prix dont le Carl Foreman Award (meilleur espoir britannique) à la {{53e}} cérémonie des BAFTA Awards et le Sutherland Trophy au Festival du film de Londres.
En 2002, Lynne Ramsay réalise son deuxième long métrage Morvern Callar qui est présenté au Festival de Cannes. Elle y remporte le prix C.I.C.A.E. et le Prix de la jeunesse du film étranger.
Envisagée dans un premier temps pour réaliser l'adaptation du roman La Nostalgie de l'ange d'Alice Sebold, elle doit quitter le projet en 2004. Son projet suivant est l'adaptation du roman de Lionel Shriver We Need to Talk About Kevin, lauréat du Prix Orange pour la fiction en 2005.
En 2007, elle est classée {{12e}} du classement des 40 meilleurs réalisateurs actuels selon The Guardian. En 2011, elle présente en compétition au 64{{e}} Festival de Cannes We Need to Talk about Kevin.
En 2013, son court-métrage Swimmer est sélectionné à Cannes dans la sélection de la Quinzaine des Réalisateurs. Elle est, la même année, membre du jury du 66{{e}} Festival de Cannes, présidé par Steven Spielberg.