Philip Pullman est né à Norwich, en Angleterre, en 1946, de l'union de Audrey Evelyn Merrifield et Alfred Outram Pullman, pilote de la Royal Air Force. Son enfance se déroule en Afrique, dans les pays dans lesquels son père est affecté, notamment en Rhodesie du Sud, aujourd'hui le Zimbabwe, où il effectue une partie de sa scolarité avec son frère, Francis. En 1954, Alfred Pullman meurt dans un crash d'avion pendant la révolte des Mau Mau au Kenya.
Après cette tragédie, la mère décide de renter au Royaume Uni. Elle confie les enfants à ses parents, installés à Norwich, pour accepter un emploi à Londres auprès de la BBC. Le jeune Philipp noue d'étroites relations avec son grand-père, un ecclésiastique anglican, excellent conteur par ailleurs. Pullmann dira de lui « il avait le don de façonner une histoire à partir de moindre évènement ».
En 1955, Audrey Pullman se remarie avec un contrôleur aérien de la Royal Air Force, que les enfants appelaient « Oncle Johnny ». Le couple s'installe avec les enfants d'abord en Australie puis au Pays de Galles, lorsque son beau-père sera affecté à Llanbedr. Le jeune Pullman y acquit l'essentiel de sa formation à Ysgol Ardudwy secondary school. Par la suite il sera reçu à l'Université d'Oxford, dont il sortira diplômé en 1968.
En 1970, il épouse Judith Speller, avec laquelle il aura deux fils. Il enseignera dans plusieurs villes avant de d'obtenir une chaire à Oxford, et une au College de Westminster en 1986{{,}}.
Passionné dès son plus jeune âge par les contes, il décide très vite de devenir écrivain. Il juge cependant ce terme inapproprié car pour lui il ne fait que « raconter des histoires »{{refnec}}. Il dit distinguer le métier d'écrivain (writer) et celui de conteur (storyteller). Un écrivain selon lui prête davantage attention à la forme qu'au contenu tandis qu'il dit privilégier le contenu.
Les livres de Philip Pullman sont destinés en majorité à la jeunesse, mais il écrit également pour les adultes. Il signe à l'intention des jeunes spectateurs des adaptations théâtrales d'œuvres littéraires célèbres.