Marie Ndiaye est née à Pithiviers dans le Loiret, à moins de cent kilomètres au sud de Paris, de mère française et de père sénégalais. Ses parents se sont connus étudiants en Île-de-France au milieu des années 1960. Elle passe son enfance dans la banlieue parisienne, à Bourg-la-Reine. Son père quitte la France pour l'Afrique alors qu'elle n'a qu'un an. Elle ne l'a vu que trois fois, la dernière fois remonte à une vingtaine d'années{{refnec}}. C'est donc sa mère, professeur de physique-chimie, dont les parents étaient agriculteurs dans la plaine de la Beauce, qui élève Marie et son frère aîné, Pap Ndiaye.
Elle commence à écrire vers l'âge de 12-13 ans. Élève en terminale au lycée Lakanal de Sceaux à l'âge de 17 ans, elle est repérée par Jérôme Lindon, fondateur des Éditions de Minuit, qui publie son premier ouvrage, Quant au riche avenir. La Quinzaine littéraire souligne en 1985 qu'{{Citation}} À la suite de la parution de cette œuvre, elle rencontre celui qui allait devenir son mari, l'écrivain Jean-Yves Cendrey : tout a commencé par une simple lettre de lecteur à laquelle elle répondit. Sa première œuvre lui permit aussi d'obtenir une bourse pour étudier pendant un an à la Villa Médicis à Rome.
À 22 ans, elle revoit son père au Sénégal, au cours d'un premier voyage en Afrique. Elle relate cette rencontre ainsi : {{Citation}}
En 1998, elle sort de sa réserve en adressant une lettre aux médias dans laquelle elle accuse l'auteur à succès Marie Darrieussecq de « singerie ». Selon elle, cette dernière s'est fortement inspirée de La Sorcière publié deux ans plus tôt pour écrire son deuxième roman Naissance des fantômes, comme le rapporte alors le journal Libération. Rien dans leur très maigre relation ne laissait présager les errements de Marie Darrieussecq à qui d'autres écrivains adresseront des reproches de même nature (voir Camille Laurens).
Marie NDiaye reçoit le prix Femina en 2001 avec son roman Rosie Carpe dès le premier tour par 9 voix sur 12. Sa pièce de théâtre Papa doit manger figure au répertoire de la Comédie-Française : c'est la seule femme écrivain vivante à avoir cet honneur.
En 2009, elle s'essaie à une nouvelle expérience et participe à l'écriture du scénario du film {{Lang}} de Claire Denis, dont elle dit qu'elle est plus « africaine » qu'elle, car elle a passé son enfance au Cameroun. Le film décrit l'histoire d'une Française à la tête d'une plantation de café en Afrique en pleine guerre civile.
Elle reçoit le prix Goncourt 2009 pour Trois Femmes puissantes, roman initialement tiré à 15000 exemplaires mais qui, avec le succès auprès du public, a au moment du prix un tirage total de 440000 exemplaires après dix réimpressions.
Selon le palmarès annuel L’Express-RTL publié mardi 16 mars 2010, Marie Ndiaye a été en 2009 l'auteur francophone le plus lu.
Elle publie en 2013 Ladivine qui conte le destin tourmenté de trois générations de femmes, dont la grand-mère était noire.
Dans une interview publiée par Les Inrockuptibles le {{date}}, elle avait déclaré à propos de la France de Sarkozy : {{Citation}}
Elle avait ajouté : {{Citation}}
Ces déclarations ont déclenché les foudres du député UMP de Seine-Saint-Denis, Éric Raoult. Celui-ci a écrit au Ministre de la Culture, Frédéric Mitterrand : {{Début citation}}Ces propos d'une rare violence, sont peu respectueux voire insultants, à l'égard de ministres de la République et plus encore du chef de l'État. Il me semble que le droit d'expression, ne peut pas devenir un droit à l'insulte ou au règlement de compte personnel. Une personnalité qui défend les couleurs littéraires de la France se doit de faire preuve d'un certain respect à l'égard de nos institutions, plus de respecter le rôle et le symbole qu'elle représente. C'est pourquoi, il me paraît utile de rappeler à ces lauréats le nécessaire devoir de réserve, qui va dans le sens d'une plus grande exemplarité et responsabilité.{{Fin citation}}
Éric Raoult demande au ministre de la Culture de lui indiquer sa position sur ce dossier, et ce qu'il compte entreprendre en la matière. Le ministre refuse de trancher. Mais les propos d'Éric Raoult au sujet d'un prétendu devoir de réserve ont été critiqués par bon nombre de personnalités politiques, y compris à droite. C'est pourquoi le porte-parole l'UMP Dominique Paillé, ignorant la neutralité du ministre, a affirmé que la liberté d'expression était un droit fondamental. Un des membres du jury Goncourt, Bernard Pivot, a d'ailleurs abondé dans ce sens.
Éric Raoult a reçu à cette occasion le prix Busiris de Maître Eolas, récompensant une affirmation « juridiquement aberrante ».
Marie NDiaye est revenue sur cet exil outre-Rhin, évoquant à la fois une « envie de partir » mais aussi « un élément déclencheur » : l'élection en 2007 de Nicolas Sarkozy. Elle évoque aussi des motifs financiers {{Citation}} Mais le retour de la gauche au pouvoir ne signe pas son retour en France car, explique-t-elle, {{Citation}}