Emmanuel Mouret réalise un premier court métrage à l'âge de 19 ans, alors qu'il vit encore à Marseille.
Ayant déménagé à Paris, il suit pendant quatre ans des études d’art dramatique, puis intègre la Fémis en section « réalisation ». Il en sort diplômé en 1998 et son film de fin d'études Promène-toi donc tout nu ! a l'honneur d'une sortie en salle en 1999.
À l'instar de Sacha Guitry et Woody Allen, le cinéaste joue fréquemment le rôle principal de ses films, interprétant un jeune homme candide et maladroit.
Emmanuel Mouret réalise son premier long métrage en 2000, Laissons Lucie faire, dans lequel il joue et dirige Marie Gillain.
Son film Vénus et Fleur a été sélectionné pour La Quinzaine des réalisateurs en 2004 à Cannes.
Il en va de même pour Changement d'adresse, qui sort en 2006. Il y offre son premier rôle au cinéma à Frédérique Bel : elle deviendra « sa muse » et jouera dans quatre autres de ses films.
Toujours sur le registre de la comédie douce-amère sort en 2007 Un baiser, s'il vous plaît ! où il tient encore le premier rôle aux côtés de Virginie Ledoyen et Julie Gayet.
En 2008, il fait partie de la distribution du film de Claire Simon Les Bureaux de Dieu.
En 2009, il réalise Fais-moi plaisir !, un film dans lequel il dirige Judith Godrèche, Frédérique Bel et Déborah François.
Emmanuel Mouret tourne à l'automne 2010 son sixième long-métrage, L'Art d'aimer, qui sort en 2011.
En 2013, Emmanuel Mouret sort son film Une autre vie avec Jasmine Trinca, Virginie Ledoyen et JoeyStarr.
En 2015, c'est Caprice, dans lequel le réalisateur joue, en compagnie d'Anaïs Demoustier, Virginie Efira et Laurent Stocker, l'un des rôles principaux.