Après la publication en 1989 de deux longues nouvelles, The Last of Deeds et Love in History, qui reçoivent un bon accueil critique, il fait paraître Le Trépasseur (Resurrection Man, 1994), un roman historique qui raconte les luttes de pouvoir, les actions menées et les tensions multiples au sein de l'Ulster Volunteer Force et des Shankill Butchers. L'auteur écrit ensuite le scénario de la version cinématographique de ce roman en 1998, la même année où il rédige le scénario original de I Want You, film britannique réalisé par Michael Winterbottom, avec Rachel Weisz et Alessandro Nivola
Avec Le Tango Bleu (The Blue Tango, 2001), retenu sur la liste du Prix Booker, McNamee revient sur l'assassinat, dans les années 1950, de la fille de 19 ans du juge Lancelot Curran de la cour d'Irlande du Nord. Ce personnage réapparaît dans deux autres titres.
00:23, Pont de l'Alma (12:23: Paris. 31st August 1997, 2007) est également une enquête historique qui réexamine les derniers jours de Lady Diana, princesse de Galles, avant sa mort tragique.
Eoin McNamee a également écrit pour les jeunes adultes deux trilogies romanesques : Navigator (2006-2009) et Ring of Five (2010-2012).
Sous le pseudonyme de John Creed, il donne des romans d'espionnage se déroulant dans les années 1970 et ayant pour héros Jack Valentine, un agent des services secrets britannique qui travaille pour le MRU, un organisme top secret qui collabore avec les États-Unis.
Eoin McNamee reçoit la bourse Macauley de littérature irlandaise en 1990.