Lorenzo Mattotti, désireux dès le collège d'étudier l'art et d'être dessinateur avec son ami Fabrizio Ostani, doit cependant à cause de sa formation secondaire scientifique étudier l'architecture, ce qu'il fait à Venise avant de s'orienter vers le graphisme. Durant ses études, il essaie de se faire publier ses bandes dessinées réalisées avec Ostani (qui prend le pseudonyme de Jerry Kramsky), mais ses tentatives d'intégrer Undercomix de Franco Bonvicini, Linus ou le Corriere dei Piccoli échouent, bien qu'il se soit rapproché de l'agence Quipos de Renato Calligaro, où il avait pu rencontrer Alberto Breccia, Altan, Carlos Sampayo, etc.
En 1975 il publie finalement ses premières bandes dessinées, dans le fanzine français Biblipop puis dans la revue Circus. En 1976, il dessine un chapitre du recueil collectif Casanova. L'année suivante paraît son premier album, Alice Brum-Brum, adaptation très libre et fantaisiste d’Alice au pays des merveilles, aux éditions Mondograf. À partir de 1978, il commence à s'intéresser au réel avec Tran Tram Rock puis avec Incidenti (Incidents). En 1980 il fonde avec d'autres auteurs le collectif d'artistes « Valvoline » qui vise à renouveler l'esthétique et la linguistique de la bande dessinée. Si, dans un premier temps, ses bandes dessinées étaient marquées par les influences de l'underground américain, il évolue à partir de 1982, avec Il Signor Spartaco (Le Signor Spartaco), vers un univers très pictural basé sur l'utilisation d'huile et de pastels.
Il publie à partir de 1984 dans Alter Alter Fuochi (Feux), « long récit salué par la critique comme l'un des chefs-d'œuvre du {{9e}} art » qui permet à la critique de voir en lui « l'un des dessinateurs les plus marquants de la nouvelle génération italienne ». Il crée encore quelques bandes dessinées jusqu'au début des années 1990, même si à cette date il se consacre de plus en plus à son travail d'illustrateur, initié en 1984 dans Vanity, et qui fait l'objet de nombreux recueils.
En effet Lorenzo Mattotti est un auteur très demandé par les presses américaine et européenne, pour lesquelles il réalise de nombreuses couvertures (Le Monde, Télérama, Paris Match, Libération, Vanity Fair, Cosmopolitan, Glamour, The New Yorker...). C'est également un affichiste recherché. Il a obtenu pour ses dessins de nombreux prix, dont le Grand prix de Bratislava en 1993 pour Eugenio (ensuite adapté en dessin animé) et le Yellow Kid du meilleur illustrateur en 1997 à Rome. Stigmates en 1994, Anonymes en 2000 ou son adaptation de L'Étrange Cas du docteur Jekyll et de M. Hyde en 2002 et des participations en 2007 et 2008 à des collectifs des éditions Delcourt montrent cependant qu'il ne se désintéresse pas de la bande dessinée, même s'il admet lui préférer à partir de la fin des années 1990 l'illustration. Il participe en 2007 au dessin animé Peur(s) du noir
Alors que Mattotti réside à Paris depuis 1998, ses livres sont traduits dans le monde entier. Depuis 1977, une quarantaine d'expositions lui ont été consacrées dans des galeries privées.