Il naît à Istanbul d’un père arménien et d’une mère grecque. Il fait ses études secondaires à l’école autrichienne. Il parle couramment quatre langues et il se revendique cosmopolite. Scénariste de Theo Angelopoulos, il est aussi traducteur en grec de Goethe et de Frank Wedekind. Il est également considéré comme un spécialiste de Bertolt Brecht.
Auteur dramatique, il commence à 57 ans à écrire des romans policiers mettant en scène Athènes et la Grèce contemporaine, notamment avec sa série du commissaire Kostas Charitos, {{Citation}} Dans le roman intitulé Le Che s'est suicidé (O Tse autoktónīse, 2003), considéré par Claude Mesplède comme {{Citation}}
Pétros Márkaris reçoit la médaille Goethe 2013.