De religion juive, Emanuelle Luzzati est contraint de quitter l’Italie en 1940. Il se réfugie à Lausanne où il s’inscrit à l’école des Beaux-Arts. De retour dans son pays en 1945, il entame une carrière de décorateur pour le théâtre, le ballet et l’opéra, travaillant notamment pour la Scala de Milan, le London Festival Ballet, le Chicago Opera House ou le Staatsoper de Vienne.
Avec le chef opérateur Giulio Gianini rencontré au milieu des années 1950, Luzzati réalise de nombreux courts-métrages d'animation en papier découpé. Luzzati peint ses personnages et les éléments de son décor. Les figurines articulées sont ensuite animées image par image par Gianini. Les deux hommes ont réalisé selon ce procédé de nombreux courts-métrages musicaux, dont La Pie voleuse (1964), qui a reçu deux Oscars. Ce film forme une trilogie inspirée de la musique de Gioachino Rossini, avec L'Italienne à Alger (1968) et Pulcinella (1970) adapté de l'ouverture de Il turco in Italia.
Il est aussi auteur et illustrateur de livres pour la jeunesse et céramiste.