Dès son plus jeune âge Masashi se passionne pour le dessin, même si cela ne ressemblait qu'à des graffitis, du fait de son inexpérience. Cependant, à force d'entraînement et de patience, ses dessins deviennent de plus en plus perfectionnés. Ses principaux modèles étaient les personnages de ses animes favoris, tirés des mangas de ses auteurs préférés, tels que Dragon Ball Z et Dr Slump d'Akira Toriyama, Kinnikuman de Yoshinori Kunai et Takashi Shimada, mais aussi Doraemon de Hiroshi Fujimoto, ou Mobile Suit Gundam de Yoshiyuki Tomino et Hajime Yadate. Par ailleurs, le dessin n'étant pas sa seule passion, il aime beaucoup jouer aux jeux vidéo (grand fan de Akira Toriyama, il raconte dans les pages Bonus de Naruto son enfance et sa découverte du jeu vidéo Dragon Quest sur Famicom) et à la voiture télécommandée.
Dès cette époque Kishimoto souhaite s'adonner entièrement à sa passion en devenant mangaka, suite à l'effet incroyable que lui a fait le célèbre manga Dragon Ball. Durant son adolescence, Masashi crée son premier manga nommé Hiatari-kun, l'histoire d'un jeune ninja. Une fois arrivé au collège, il délaisse le dessin, ne se croyant plus capable de devenir mangaka, et s'adonne aux sports tels que le baseball. Il a un moment l'idée de faire carrière dans le sport, mais se rend compte qu'il n'en est pas capable. C'est durant une balade à vélo qu'il tombe sur l'affiche d'un film nommé Akira ; la contemplant longuement, il a soudain un déclic, sa passion pour le dessin avait resurgi d'un coup.
Une fois au lycée, Kishimoto ne consacre que très peu de temps à ses devoirs et passe la majeure partie de son temps à dessiner. Il entre dans une université d'art sur l'île de Kuushu et commence même un manga de samouraï qui ne verra jamais le jour. Lors de sa deuxième année de lycée, il travaille sur de nombreuses ébauches de manga, Michikusa, Asian Punk, et Yakiyû-ô, qui resteront des prototypes, aucun ne lui convenant réellement.
À l'âge de 21 ans, Kishimoto reçoit le prix « The Hop Step Awards» décerné par les éditions Shueisha aux jeunes auteurs à l’avenir prometteur pour son court récit intitulé Karakuri. Le prix Hop Step Awards est un prix qui a été attribué à des mangakas aujourd’hui devenus incontournables, tels que Yoshihiro Togashi (Hunter × Hunter, Yû yû hakusho), Nobuhiro Watsuki (Kenshin le vagabond) ou Eiichiro Oda (One Piece). On peut d'ailleurs trouver « Karakuri » dans le 18{{e}} recueil des lauréats du prix Hop Step Awards paru en 1996 dans la collection « Jump Comics ».
Kishimoto ouvre également le projet « Top of the Super Legend » en publiant un one shot nommé « Bench ! » et ayant pour sujet le baseball. Il est suivi d'un one shot par semaine réalisé par d'autres auteurs réputés, comme Hideaki Sorachi (auteur de Gintama), Takeshi Konomi (auteur de Prince of Tennis), Kyōsuke Usuta (auteur de Jaguar), Osamu Akimoto (auteur de Kochi Kame) et Akira Toriyama (auteur de Dragon Ball).
Il commence un manga basé sur la soupe de ramen, et c'est ainsi que naît Naruto. Lors de sa publication dans le magazine japonais Weekly Shōnen Jump, les réactions furent pour la grande majorité positives. Il dessine en même temps un manga centré sur le baseball, son sport préféré mais celui-ci ne rencontre que peu de succès. Masashi décide alors de prendre du recul pour faire le point sur tous les bons éléments de ces mangas écrits jusqu'à ce jour, et prend la décision de tous les réinvestir dans Naruto.
La série Naruto connaît une prépublication dans l’hebdomadaire Weekly Shonen Jump depuis le {{numéro}}17 (1999) et est adaptée à la télévision japonaise. Fin 2010, elle atteint une cinquantaine de volumes reliés au Japon. Ce manga est sans nul doute l'un des plus importants succès commerciaux de ces dix dernières années.
Aujourd'hui, le nombre de tomes ne cesse d'augmenter, et le succès monte de jour en jour à l'échelle japonaise, comme mondiale.
En 2004, Masashi Kishimoto était le 3{{e}} mangaka le plus taxé au Japon avec 112.8 millions de yen d'impôts soit {{unité}} et était le 9{{e}} contribuable à travers tout le pays.
En 2007, Masashi Kishimoto était le deuxième mangaka le plus taxé du Japon, avec 178,4 millions de yens (près d'un million d'euros) d'impôts.
Masashi a un frère jumeau, Seishi, également mangaka et auteur de Satan 666 et de Blazer Drive. Ces deux frères se ressemblent tellement qu'il y eut pendant longtemps des malentendus : Seishi Kishimoto reçut de nombreuses lettres d'insultes de la part de lecteurs lui reprochant de copier les idées de son frère jumeau car ils ne se doutaient pas du lien les unissant. Néanmoins, le malentendu se dissipa et Seishi fut lui aussi reconnu.
Kishimoto, principalement connu pour son manga Naruto, a trouvé l'inspiration au travers de sa vie quotidienne. En effet Konoha, village fictif appartenant au manga fut inspiré de la ville natale de l'auteur, car celui-ci vivait près d'une base militaire où il y avait de nombreux terrains d'entraînement. De même quelques protagonistes de Naruto sont inspirés de personnes réelles l'ayant entouré durant sa jeunesse tels que ses amis de lycée cependant la plupart des personnages ont été inventés de toute pièce. Il tire plusieurs éléments du manga Naruto du folklore japonais, asiatique, de certains mangas déjà existant (notamment Dragon Ball) et de la mythologie asiatique.