Thierry Jonquet a une enfance marquée par le cinéma. Il fait ses études secondaires au lycée Charlemagne à Paris, puis étudie la philosophie à l'université de Créteil et plus tard l'ergothérapie. Il travaille ainsi en gériatrie.
Devant le spectacle de la mort omniprésente, il commence à écrire pour raconter l'horreur et pour rendre hommage à un pensionnaire avec qui il s'était lié d'amitié. Lassé de l'environnement hospitalier, il brigue un poste d'instituteur. Il se voit affecté à un centre de neuropsychiatrie infantile. Puis il est nommé par l'Éducation nationale dans les cités de banlieue nord-parisienne où il a en charge une classe de section d'éducation spécialisée.
Tous ces métiers l'ont mis en contact avec les « éclopés de la vie ». Lorsque Thierry Jonquet découvre assez tardivement les romans de la Série noire, il peut faire le lien entre la violence du réel et la violence littéraire. Il publie son premier roman, Mémoire en cage, en 1982. Si les romans sont de pures fictions où il réinvente la réalité, il puise dans les faits divers, en revendiquant une totale liberté. Son roman Moloch lui a ainsi valu un procès. Bien que ses romans mettent en scène une société malade qui engendre la violence, la haine, le désir de vengeance, Thierry Jonquet refuse de porter l'étiquette d'auteur engagé. Même s'il ne cache pas qu'il est un homme de gauche, ses convictions ne s'expriment que très discrètement dans son œuvre. Thierry Jonquet mène de front deux activités distinctes — celle de scénariste et celle de romancier. Les personnages de son roman Les Orpailleurs ont donné naissance à une série télévisée, Boulevard du Palais. Il est aujourd'hui reconnu comme l'un des grands auteurs de romans noirs et ses livres sont autant de merveilles de construction, d'angoisse et d'intelligence narrative.
Son livre Ils sont votre épouvante et vous êtes leur crainte a été adapté par Emmanuel Carrère pour la télévision sous le nom de Fracture en 2010, et a été réalisé par Alain Tasma.
Son roman Mygale a été adapté en 2011 au cinéma par le réalisateur espagnol Pedro Almodóvar, sous le titre La piel que habito.
Il a raconté son engagement militant à Lutte ouvrière, puis à la Ligue communiste révolutionnaire et Ras l'Front dans Rouge c'est la vie, où il disait de lui : « J'écris des romans noirs. Des intrigues où la haine, le désespoir se taillent la part du lion et n'en finissent plus de broyer de pauvres personnages auxquels je n'accorde aucune chance de salut. Chacun s'amuse comme il peut. » Lors de ses obsèques, un certain nombre d'anciens militants de la LC/LCR étaient présents dont Romain Goupil.