Alfred Jarry est le fils d’Anselme Jarry, négociant puis représentant en commerce, et de Caroline Quernest. En 1878, il est inscrit comme élève dans la division des minimes du petit lycée de Laval. L’année suivante, sa mère déménage à Saint-Brieuc. C’est donc au lycée de Saint-Brieuc que Jarry poursuit ses études jusqu’en 1888. Dès 1885, il compose des comédies en vers et en prose, comme les Brigands de la Calabre (1885), le Parapluie-Seringue du Docteur Thanaton, le Procès, les Antliaclastes ({{1re}} version 1886, {{2e}} version, 1888).
En 1888, sa mère s’installe avec ses deux enfants à Rennes. Jarry entre en rhétorique au lycée de Rennes (actuel lycée Émile-Zola de Rennes) en octobre 1888. Là, M. Hébert, professeur de physique, incarne aux yeux de ses élèves « tout le grotesque qui est au monde ». L'enseignant devient le héros d’une littérature scolaire abondante, dont un texte intitulé Les Polonais que Jarry, en classe de première, va mettre en forme de comédie : c’est la plus ancienne version dUbu roi.
En 1891-1892, il est élève d’Henri Bergson et condisciple de Léon-Paul Fargue et d’Albert Thibaudet au lycée Henri-IV. Il échoue au concours d'entrée à l’École normale supérieure (trois échecs successifs suivis de deux échecs pour la licence ès lettres).
Ses publications lui permettent cependant de rencontrer Marcel Schwob, Alfred Vallette (directeur du Mercure de France) et sa femme Rachilde. Dans la maison du couple, il présente, en 1894, Ubu Roi. Il collabore au Mercure de France et à la Revue Blanche. Deux ans plus tard, il entre en fonction auprès de Lugné-Poe qui lui confie le programme de la prochaine saison du Théâtre de l'Œuvre où la première d’Ubu roi eut lieu le 10 décembre 1896, suscitant une polémique comparable à la bataille d’Hernani. Dès lors, les représentations des pièces de Jarry se suivent, au fil des cycles d’Ubu.
En 1894 et 1895, il dirige L'Ymagier avec Remy de Gourmont : Recueil de gravures anciennes et nouvelles, d’études artistiques et philologiques qui paraît en fascicules trimestriels, in-quatro. En 1896 se place l’événement historico-mythique de l’achat de la bicyclette « Clément Luxe 96 course sur piste » que le marchand Trochon s’obstinera longtemps à vouloir faire payer au poète, en vain. Il fonde une revue d’estampes Perhindérion qui n’aura que deux numéros. En 1897, il a épuisé son héritage, mais achète un bateau, L’As, qui entrera dans la littérature par la geste de Faustroll. Son compatriote, le douanier Rousseau, l’héberge brièvement. En novembre 1897, il s’installe 7 rue Cassette, dans sa grande Chasublerie.
Le 20 janvier 1898, une représentation d’Ubu Roi par des marionnettes (dues à Pierre Bonnard) est donnée au théâtre des Pantins, à Paris. Jarry écrit en 1901 une réduction en deux actes d'Ubu Roi qui est jouée la même année au cabaret des « Quat'z'arts » (cette version raccourcie d'Ubu Roi parait en 1906 sous le titre d’Ubu sur la butte). En 1902, paraît Le Surmâle. La même année, Jarry commence une brève collaboration avec la revue du prince Bibescu, La Renaissance Latine. Il publie en 1903 une série d‘articles dans la revue Le Canard Sauvage (premier numéro en mars 1903, dernier numéro en octobre 1903). Il commence à écrire La Dragonne pendant son séjour chez Claude Terrasse, au Grand-Lemps, en 1904, tout en continuant à travailler au livret de Pantagruel.
Alfred Jarry à bicyclette. Dans l’ouvrage Gestes et opinions du docteur Faustroll, pataphysicien, édité après sa mort, il définit la 'Pataphysique comme « la science des solutions imaginaires, qui accorde symboliquement aux linéaments les propriétés des objets décrits par leur virtualité ». (livre II, chapitre VIII), science que perpétue le Collège de 'Pataphysique fondé en 1948.
S’identifiant à son personnage et faisant triompher le principe de plaisir sur celui de réalité, Jarry a vécu comme il lui plaisait avec ses trois attributs : la bicyclette, le revolver et l’absinthe. Il leur sacrifiera la respectabilité et le confort. Dans une petite baraque proche d’une rivière, à côté d’un lit-divan, Rabelais composait l’essentiel de sa bibliothèque. L’humour lui a permis d’accéder à une liberté supérieure. « Jarry jouant Ubu, non plus sur scène mais à la ville, tend ainsi un terrible miroir aux imbéciles, il leur montre le monstre qu’ils sont. Il dit « Merdre aux assis ». » (Georges-Emmanuel Clancier)
Le 28 mai 1906, Jarry écrit à Rachilde : « (Le Père Ubu) n’a aucune tare ni au foie, ni au cœur, ni aux reins, pas même dans les urines ! Il est épuisé, simplement et sa chaudière ne va pas éclater mais s’éteindre. Il va s’arrêter tout doucement, comme un moteur fourbu. » Épuisé, malade, harcelé par ses créanciers, malgré l'aide financière d'Octave Mirbeau et de Thadée Natanson, Jarry fait des allers et retours Paris-Laval et meurt d'une méningite tuberculeuse six mois plus tard, le {{1er novembre}} 1907 à l’hôpital de la Charité, à Paris. Comme dernière volonté il demande un cure-dent.
Il est enterré au cimetière parisien de Bagneux ({{23e}} division, {{5e}} ligne, {{5e}} place) où sa tombe, aujourd'hui anonyme et non entretenue, est toujours en place.
Ainsi, l’œuvre d’Alfred Jarry, au comique grinçant, met en scène de façon insolite les traits humains les plus grotesques. Il est l’inventeur du terme de « ’Pataphysique », science qui cherche à théoriser la déconstruction du réel et sa reconstruction dans l’absurde. Jarry est l’un des inspirateurs des surréalistes et du théâtre de l'absurde. Une statue signée Zadkine consacre l’hommage de sa ville natale.
Cet auteur est transformé par André Gide en personnage de roman dans Les Faux-monnayeurs.
Une salle de l’Université Rennes 2 porte son nom.