Diplômé de la Faculté de beaux-arts de l'université de Grenade, il participe à la conception de plusieurs fanzines et publie des illustrations pour les versions espagnoles des comic books Marvel publiés par Cómics Forum.
Il s'installe ensuite à Madrid où il travaille aux studios d'animation Lápiz Azul où il rencontre Juan Díaz Canales, le futur scénariste de Blacksad.
Juanjo Guarnido est embauché en 1993 aux Studios Walt Disney de Montreuil. Il y travaille comme dessinateur des décors puis comme animateur. Il met à profit ses heures libres pour entreprendre son premier album, Blacksad : Quelque part entre les ombres.
Il a deux enfants, Juan José, né en 1996, et Teresa, née en 1997.