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Son grand-père, Constant Martin, est l'inventeur du Clavioline, un des tout premiers synthétiseurs en 1947. Son père était électronicien et informaticien, passionné de jazz, pianiste et organiste amateur. Il travailla dans l'industrie des télécommunications, avant de collaborer avec Constant Martin. Son frère François, fut le bassiste du groupe Ludwig von 88 et le patron du Goéland. Michel Gondry a donc toujours baigné dans le monde de la musique. Enfant, il voulait être inventeur ou peintre. Après avoir fait un BTS Tapisserie au lycée de Sèvres, il poursuit sa formation à l'École Olivier-de-Serres (École d'arts appliqués) à Paris.{{Référence nécessaire}}
Là-bas naîtra le groupe pop Oui Oui, dans lequel il prend le poste de batteur. Le groupe se sépare en 1992. Gondry réalise les clips de plusieurs singles : La Ville, Les Cailloux, Ma Maison. Il réalise le clip Les voyages immobiles pour Étienne Daho qui invite Oui Oui en première partie de ses concerts au Zenith de Paris. La même année, il travaille également avec Robert et Jean-François Coen.{{Référence nécessaire}}
Björk souhaite alors travailler avec lui après avoir vu le clip La Ville sur MTV, ce sera le début d'une fructueuse collaboration : Human Behaviour, Army Of me, Isobel, Hyperballad, Joga, Bachelorette, Declare Independence et Crystalline.{{Référence nécessaire}}
Michel Gondry devient alors un réalisateur très demandé, il enchaine des videos pour les Rolling Stones (Like a Rolling Stone), IAM (le Mia), ou encore Kylie Minogue (Come into my world). Assez rapidement le public commence à percevoir un « style Gondry ». Parmi les effets utilisés par Gondry figure le morphing, une technique permettant de créer une animation fluide à partir de deux images différentes qu'il utilise de manière très personnelle : alors que les publicitaires ou d'autres auteurs de clips se focalisaient sur la transformation d'une personne en une autre (un homme qui devient une femme, un animal qui en devient un autre…), Gondry utilise le morphing pour interpoler des trajets de caméra (le Mia) ou pour transformer des vidéos en objets abstraits (Like a Rolling Stone). Dans ce dernier clip, le morphing est également utilisé pour simuler des mouvements à partir de photographies fixes. Les effets d'images arrêtées (réalisé au moyen de centaines d'appareils photos synchronisés) tels qu'on en voit dans le film Matrix ont également été utilisés par Michel Gondry pour une publicité de la marque Smirnoff. Ce principe existe aussi dans l'œuvre de l'artiste français Emmanuel Carlier (Temps morts, présenté en 1995 à la Biennale d'Art Contemporain de Lyon), par ailleurs réalisateur de nombreuses publicités.{{Référence nécessaire}}
Michel Gondry réalise deux courts-métrages dont La Lettre en 1998. En 2001, il sort le long-métrage Human nature, avec Patricia Arquette, Rhys Ifans et Tim Robbins, d'après un scénario de Charlie Kaufman qui avait déjà écrit Dans la peau de John Malkovich pour Spike Jonze (un autre clippeur très créatif). Le film est une fable philosophique sur les genres et la misérable condition humaine face à la sexualité. Après son échec au box-office, Gondry se livre à "une autocritique complète" essayant de comprendre ses erreurs.
En 2004, il réalise Eternal Sunshine of the Spotless Mind, avec Jim Carrey et Kate Winslet, toujours sur un scénario de Charlie Kaufman, et, cette fois, sur une idée de l'artiste Pierre Bismuth. Le film recevra l'Oscar du meilleur scénario original.
Pour La Science des rêves, sorti en août 2006, il revient du côté de la France puisque le film est à la fois tourné en français et en anglais avec des acteurs français dont Charlotte Gainsbourg, Alain Chabat, Miou-Miou et Emma de Caunes. Gael García Bernal est également de la partie, il y tient le rôle principal. Pour ce film, Michel Gondry a écrit seul le scénario.
Il a réalisé le film Soyez sympas, rembobinez en 2007, sorti en salle en mars 2008, dont le titre original est Be kind Rewind avec Jack Black et Mos Def.
En 2008, sort également dans Tokyo!, le court-métrage Interior Design, dont il est le réalisateur, adaptation de Cecil and Jordan in New York de {{Lien}}. Cette dernière participera à l'écriture du court-métrage.
En 2011, il s'essaie au blockbuster avec The Green Hornet, adaptation de la série télévisée des années 1960 Le Frelon vert. Seth Rogen, coscénariste du film, y tient le rôle principal, aux côtés de Jay Chou, Cameron Diaz et Christoph Waltz.
Un DVD anthologique permet de se faire une meilleure idée du travail de Michel Gondry (The Work of Director Michel Gondry, paru en 2003). Un second DVD, intitulé Michel Gondry 2: More Videos Before and After DVD 1 est paru en 2009.
En 2012, il présente The We and the I (Le nous et le je) à la quinzaine des réalisateurs du Festival de Cannes 2012. Dans la même année, il réalise L'Écume des jours, avec Omar Sy, Audrey Tautou et Romain Duris, adapté du roman du même nom de Boris Vian. Le film sort en avril 2013.
En 2014, il réalise le documentaire Conversation animée avec Noam Chomsky, une mise en images d'un entretien qu'il a eu avec le philosophe et linguiste Noam Chomsky. Pour son long métrage de fiction suivant, il voulait initialement adapter Ubik de Philip K. Dick. Audrey Tautou lui suggère cependant de réaliser un film plus personnel. D'après certains de ses souvenirs de jeunesse, notamment au Lycée Hoche de Versailles, il développe le scénario de Microbe et Gasoil. Le film sort en Juillet 2015.
En novembre 2005, Michel Gondry et Pierre Bismuth inaugurent à la Cosmic Galerie (créée par Claudia Cargnel et Frédéric Bugada en 2002 à Paris, dans le {{19e}} arrondissement) une installation vidéo intitulée The All Seeing Eye (l'œil qui voit tout). La caméra balaie une pièce, apparemment en boucle, mais des objets disparaissent régulièrement jusqu'à ce que l'endroit soit totalement vide. Le projecteur tourne sur son axe et effectue une course comparable à celle qu'effectue la caméra.
Michel Gondry est le réalisateur de nombreuses publicités qui portent plus (Air France) ou moins (Nespresso, Eurostar, Guerlain ) la marque de leur auteur.{{Référence nécessaire}}
Parmi ses publicités les plus célèbres, on peut citer celle pour les jeans Levi's, au demeurant très marquante visuellement, mais dont la bande-son est changée{{Référence nécessaire}} : tout l'effort de synchronisation entre image et son et tout le sens qui en découle disparaît. On peut également citer ses publicités pour Air France, sur Asleep from day, une musique des Chemical Brothers, interprétée par Hope Sandoval.{{Référence nécessaire}}
Michel Gondry a été décorateur pour les séries télévisées Les Triplés (Télé Hachette) et Rahan (Y Films pour France Animation Montreuil).{{Référence nécessaire}}
Michel Gondry développe en 2011 l'idée d'une « usine » dans laquelle seront mis à disposition gratuitement tous le matériel nécessaire pour réaliser des courts métrages (caméras, costumes, éléments de décors...) dans le but de permettre aux gens d'exprimer leur créativité. Après avoir fait l'objet d'expositions temporaires dans différents pays, notamment début 2011 au Centre Pompidou ou pendant l'été 2015 au Palais des festivals de Cannes, une installation fixe de ce projet est prévue en 2016 dans des locaux situés en Seine-Saint-Denis, à Aubervilliers. Il est finalement annulé pour raisons budgétaires.