L'œuvre de Jean Dufaux est prolifique et très complexe : elle comprend plus de 200 volumes à ce jour, dont des séries telles que Djinn, La Complainte des landes perdues, Double masque, Croisades, etc., évoquant des thèmes récurrents tels que la folie, le pouvoir, la sexualité, le passé... Hommage au roman-feuilleton et au cinéma, cette vaste œuvre s'est vendue à plusieurs millions des exemplaires dans douze pays et a eu les honneurs de plusieurs prix. Il est aussi président du jury du prix belge Diagonale. Il a aussi été l'objet d'une exposition, aux Musées royaux des beaux-arts de Belgique. Il est nommé Chevalier de l'ordre des arts et des lettres en 2009. En 2013, il prend la suite de Jean Van Hamme au scénario de la reprise de Blake et Mortimer, pour l'album L'Onde Septimus, dessiné par Antoine Aubin et Étienne Schréder, qui imagine la suite du chef-d'œuvre d'Edgar P. Jacobs, La Marque jaune.