Boris Cyrulnik est né dans une famille d'immigrés juifs d'Europe centrale et orientale (son père était russo-ukrainien et sa mère polonaise) arrivés en France dans les années 1930. Son patronyme signifie « barbier chirurgien » en russe. Son père, ébéniste s'engage dans la Légion étrangère. L'identité de sa mère semble ne pas être clairement établie, car elle est prénommée tantôt Rosa{{,}}, tantôt Nadia selon les sources. Durant l'Occupation, ses parents le confient en 1942 à une pension pour lui éviter d'être arrêté par les nazis, pension qui selon ses dires le placera ensuite à l'Assistance publique bien que ce récit ne soit pas conforté par d'autres sources. Il y est recueilli par une institutrice bordelaise, Marguerite Farge, qui le cache chez elle rue Adrien-Baysselance. Mais, le {{date}}{{,}}, au cours d'une rafle, il est regroupé avec d'autres Juifs à la grande synagogue de Bordeaux. Il dit depuis la fin des années 2000 être parvenu à se cacher dans les toilettes, évitant ainsi le sort des autres raflés emmenés vers la gare Saint-Jean pour y être déportés, bien que dans un récit antérieur il ait dit avoir été délogé de sa cachette, emmené dehors avec les autres et sauvé alors par une infirmière, version confortée par plusieurs autres sources. Il est ensuite pris en charge et caché par un réseau, puis placé comme garçon de ferme, sous le nom de Jean Laborde, jusqu'à la Libération. Ses parents, eux, meurent en déportation. Il est recueilli à Paris par une tante maternelle, Dora, qui l'élève. Il déclare plus tard que c'est cette expérience personnelle traumatisante qui l'a poussé à devenir psychiatre.
Boris Cyrulnik fait ses études secondaires au lycée Jacques-Decour à Paris, puis supérieures à la Faculté de médecine de Paris. Le service de neurochirurgie parisien dans lequel il fait fonction d'interne pendant un an (1967-1968) refuse de prolonger son contrat, et le service de psychiatrie de l'hôpital de Digne dans lequel il commence alors son internat refuse également de prolonger son contrat au bout d'un an (1968-1969), malgré l'appel de cette décision qu'il fait alors auprès du conseil de l'ordre. Afin de valider son certificat d'études spéciales en neuropsychiatrie, il semble trouver un point de chute dans le service de psychiatrie du {{Pr}} à Marseille (plus probablement le {{Pr}}, sa biographie officielle mentionnant quant à elle à tort un internat en psychiatrie à Digne de 1968 à 1971). Il devient ensuite médecin chef de La Salvate, un établissement privé de postcure psychiatrique. Il quitte ce poste en 1979 et s'installe comme psychanalyste à mi-temps, tout en donnant des consultations au centre hospitalier intercommunal de Toulon-La Seyne-sur-Mer (jusqu'en 1991) ; il y crée un groupe de recherches en éthologie clinique qu'il anime jusqu'à la fin des années 1990 au moins. Il publie en 1984 Éthologie clinique : 14 textes originaux (éditions de la Société de psychologie médicale de langue française). Chargé de cours d'éthologie humaine/clinique à la faculté de médecine de Marseille de 1974 à 1987, il devient en 1995/1996 directeur d'enseignement d'un diplôme universitaire (DU) de la faculté des lettres et sciences humaines de Toulon.
En 1998, il est nommé président du Centre national de création et de diffusion culturelles de Châteauvallon, puis en 2005 président du Prix Annie-et-Charles-Corrin sur la mémoire de la Shoah (depuis 2005). Il est également membre du conseil d'orientation de l'institut Diderot (un fonds de dotation pour le développement de l’économie sociale créé par la société de groupe d'assurance mutuelle Covéa).
Boris Cyrulnik est une des 43 personnalités ayant constitué la commission Attali sur les freins à la croissance, dirigée par Jacques Attali et installée le {{date}} par Nicolas Sarkozy.
Depuis 2007, il dispose d'une chronique dominicale sur France Info, Histoire d'Homme avec Marie-Odile Monchicourt et Yves Coppens.
Avec sa femme Florence (médecin qui n'a pas exercé), il a deux enfants : Natacha, devenue décoratrice de théâtre et maître de conférence à l'Université Sophia Antipolis de Nice, et Ivan, musicien.