Coetzee naît au Cap dans une famille boer calviniste (colons afrikaners). Son père est avocat et sa mère institutrice. L'anglais est sa langue maternelle. Il suit sa scolarité dans une école anglophone. Le foyer est instable et l'auteur grandit durant l'instauration violente du régime d'apartheid. Initialement, il ne poursuit aucun cursus universitaire dans les lettres et étudie les mathématiques à l'université du Cap. En 1960, il part pour l'Angleterre et poursuit à Londres des études de linguistique et d'informatique.
Après avoir travaillé comme programmeur pour IBM et International Computers, Coetzee nourrit des ambitions littéraires. Toutefois, il est tiraillé entre ses besoins financiers et sa passion pour les lettres et l'écriture. L'attribution d'une bourse d'étude lui permet de reprendre des études d'anglais à l'université du Texas à Austin, où il soutient une thèse de doctorat en 1969 sur les romans de Samuel Beckett. Il se voit ensuite proposer un poste à l'université de Buffalo (New York) où il enseigne jusqu'en 1971. L'année suivante, il obtient une chaire de professeur en littérature au département d'anglais de l'université du Cap. Son premier roman, Terres de crépuscule (Dusklands), y est publié en 1974. Son parcours d'écrivain est marqué par la lecture de Beckett, T.S. Eliot, William Faulkner et Vladimir Nabokov.
Coetzee s'installe en Australie en 2002 pour enseigner à l'université d'Adélaïde. Il est maintenant professeur émérite à l'université de Chicago (Illinois), aux États-Unis.
L'auteur a reçu de nombreux prix littéraires de première importance : il est le premier écrivain, et à ce jour encore le seul, avec l'Australien Peter Carey et la Britannique Hilary Mantel à obtenir deux fois le prestigieux Prix Booker, en 1983 pour Michael K, sa vie, son temps (Life and Times of Michael K) et en 1999 pour Disgrâce (Disgrace). La plus prestigieuse récompense internationale, le prix Nobel de littérature, vient couronner en 2003 une œuvre « qui, dans de multiples travestissements, expose la complicité déconcertante de l’aliénation. ».
En 1963, Coetzee avait épousé Philippa Jubber avec laquelle il a eu deux enfants : Nicolas (né en 1966) et Gisela (née en 1968). Le couple a divorcé en 1980. Son fils Nicolas est décédé, en 1989, des suites d'un accident{{,}}{{,}}{{,}}. Le journaliste David Coetzee, son frère cadet, meurt en 2010.
Le {{date}}, J.M. Coetzee obtient la nationalité australienne.
En 2008, il rejoint plusieurs auteurs de renommée mondiale dont Philip Roth, Salman Rushdie et Carlos Fuentes et trois autres lauréats du prix Nobel (Gabriel García Márquez, Nadine Gordimer et Orhan Pamuk) pour soutenir l'écrivain franco-tchèque Milan Kundera, soupçonné d'avoir dénoncé à l'ancienne police tchécoslovaque l'un de ses concitoyens, condamné à 22 ans de prison.
En 2013, il fait partie des signataires, en compagnie de nombreux écrivains dont quatre autres prix Nobel (Günter Grass, Elfriede Jelinek, Orhan Pamuk et Tomas Tranströmer), d'un manifeste contre la société de surveillance et l'espionnage des citoyens orchestré par les États.