{{section à sourcer}} {{rédaction}} Le baccalauréat en poche, Emmanuelle Bercot intègre l'École de danse Serge Alzetta, puis l'École du spectacle, où elle découvre avec émerveillement le théâtre. Élève au cours Florent et à la Fémis, elle travaille bientôt sous la direction de Robert Hossein et Jean-Luc Tardieu. Après avoir raté le concours d'entrée au Conservatoire, elle est admise, alors qu'elle n'a pas encore de culture cinéphile, au concours de la Femis. Dans ce cadre, elle tourne le documentaire True Romanès (1995), puis le court-métrage, Les Vacances, Prix du Jury à Cannes en 1997, son film de fin d'études étant le moyen métrage, La Puce (1999), récit audacieux du dépucelage d'une adolescente par un homme mûr. Ces deux derniers films, très remarqués, révèlent Isild Le Besco, actrice fétiche de la cinéaste, avec qui elle présente d'ailleurs une certaine ressemblance physique.
Menant, en pointillé, une carrière d'actrice (elle incarne la monitrice dans La Classe de neige de Claude Miller en 1997), Emmanuelle Bercot s'attribue le rôle principal de son premier long métrage, Clément, celui d'une trentenaire transie d'amour pour un garçon de 13 ans. Cette œuvre à la fois pudique et dérangeante est présentée à Cannes en 2001 dans la section Un certain regard.
{{citation}}, déclare la cinéaste au moment de la sortie de son deuxième long métrage, Backstage, présenté en 2005 à la Mostra de Venise, et dans lequel elle continue d'explorer le mal-être adolescent, à travers la relation trouble qui unit une vedette de la chanson (Emmanuelle Seigner) à une jeune fan envahissante (Isild Le Besco).
Au Festival international du film de Thessalonique 2005, elle remporte le prix de la meilleure réalisatrice.
Lors du 68{{e}} festival de Cannes, elle présente en ouverture son film comme réalisatrice La Tête haute et reçoit comme comédienne le Prix d'interprétation féminine pour son rôle dans Mon roi, ex-æquo avec l'Américaine Rooney Mara pour Carol.
Elle est la compagne du directeur de la photographie Guillaume Schiffman. Le couple a eu un fils, Nemo Schiffman, nommé au César du meilleur espoir masculin, mais aussi jeune talent de la première édition du télé-crochet musical de TF1, The Voice Kids.