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Édouard Baer est issu d'une famille juive alsacienne. Il est le frère de Julien Baer et de Pauline Baer, et le petit-neveu de René Baer. Son père, Philippe Baer, a siégé à la Cour des comptes.
Il grandit à Paris et y étudie, notamment au Collège Stanislas puis à l'École alsacienne (au lycée, entre 1983 et 1984).
À 18 ans, il s'inscrit au cours Florent, où il est l'élève de l'actrice et metteur en scène Isabelle Nanty, dont il devient l'assistant.
Il rencontre Ariel Wizman puis, en 1993, ils commencent à animer ensemble La Grosse Boule, émission diffusée sur Radio Nova jusqu’en 1997. Après un détour par Canal Jimmy pour l’émission Nonante en 1993, ils se font remarquer par Alain de Greef et animent, en 1994, leur propre émission sur Canal+ : « À la rencontre de divers aspects du monde contemporain ayant pour point commun leur illustration sur support visuel ».
Édouard Baer continue seul sur Canal+, et anime la rubrique Centre de visionnage de 1997 à 1999.
En 2000, il écrit et réalise son premier film La Bostella, dont il tient le rôle principal.
En 2001 et 2002, il est maître de cérémonie des 26{{e}} et 27{{e}} cérémonie des César.
En 2004, il écrit et réalise Akoibon, où il partage l’affiche avec Jean Rochefort.
Il est le maître de cérémonie des Festival de Cannes 2008 et Festival de Cannes 2009.
En 2009, il participe à Rendez-vous en terre inconnue.
Le {{date}}, sa pièce de théâtre Miam Miam est diffusée en direct sur France 2, dans le cadre du festival de Ramatuelle.
En 2010, il chante en duo sur Le Miroir de l'album de Babet, Piano Monstre.
En 2012, il incarne Astérix dans Astérix et Obélix : Au service de sa Majesté.
En 2013, il est à l'affiche de Turf le nouveau film de Fabien Onteniente, au côté d'Alain Chabat et Philippe Duquesne.
En janvier 2014, il crée La Porte à côté, de Fabrice Roger-Lacan avec Emmanuelle Devos, mise en scène par Bernard Murat au Théâtre Edouard VII.
Le 20 février 2015, il est le maître de cérémonie de la 40ème cérémonie des César dont le président est Dany Boon.