Alors que la Team Plasma s'est emparé de Zekrom, Fulguri Boréas et Démétéros, tout espoir parait perdu. Pourtant, Zhu croit voir en Noir le salut, lui qui semble avoir été choisi par Reshiram. De son côté, Blanche et Bianca vont faire la connaissance de Meloetta, un mystérieux pokémon légendaire.