Bernhard Schlink grandit à Heidelberg dans une famille allemande protestante. Son père Edmund Schlink (1903-1984), pasteur et professeur de théologie à l’université avait été relevé de ses fonctions par le régime nazi et n’avait retrouvé sa chaire qu’à la fin de la guerre. Sa mère originaire de Suisse alémanique était une étudiante de son père. Ils se sont mariés en 1938 et ont eu deux filles et deux garçons.
Schlink étudie le droit à l'Université de Heidelberg, puis à l'Université libre de Berlin. Après ses études, il exerce comme professeur de droit public à l'Université rhénane Frédéric-Guillaume de Bonn, puis à l'Université Johann Wolfgang Goethe de Francfort-sur-le-Main, où il est professeur de droit public, droit social et de philosophie du droit. Depuis 1992, il est professeur de droit public et de philosophie du droit à l’Université Humboldt de Berlin. De 1987 à 2006, il est également devenu juge au tribunal constitutionnel du Land de Rhénanie-du-Nord-Westphalie. Schlink est membre du Parti social-démocrate d'Allemagne.
Il amorce sa carrière comme écrivain par plusieurs romans policiers, dont le premier, Brouillard sur Mannheim, est écrit en collaboration avec son ami Walter Popp. On retrouve dans les romans policiers suivants son personnage principal, Gerhard Selb (Selb vient de « selbst » qui veut dire « soi-même », l’auteur s'étant imaginé plus âgé). Selb est un ancien procureur nazi rejeté du système judiciaire à la fin de la guerre et devenu détective privé. Il n’accepte pas la réintégration qui lui est proposée et son caractère têtu et indiscipliné de détective s’affirme en réaction contre l’obéissance aveugle dont il regrette avoir fait preuve comme procureur. L’un de ses romans, Le Nœud gordien (Die gordische Schleife, 1988) a obtenu le prix Glauser en 1989.
En 1995, il publie Der Vorleser (publié en France en 1996 sous le titre Le Liseur), un roman partiellement autobiographique. Ce livre devient rapidement un bestseller. Il est traduit dans 37 langues et est le premier livre allemand à atteindre la première position sur la liste de bestsellers publiée par le New-York Times. Le Liseur fait entendre la voix des Allemands nés dans l'immédiat après-guerre. Le livre est à la fois un roman d’amour et un roman qui pose des problèmes d’éthique, ceux de la culpabilité et du rapport entre comprendre et juger. Il évite l'écueil de la banalisation des crimes de guerre nazis qui aurait pu lui être reproché. Pour Le Liseur, Bernhard Schlink reçoit le Prix Grinzane Cavour, le prix Laure Bataillon, prix décerné à des œuvres traduites en français, et le Prix des libraires du Québec en 1997, ainsi que le prix Hans Fallada en 1998.
Bernhard Schlink a également reçu le prix littéraire du journal Die Welt en 1999, le Prix Heinrich Heine en 2000, l'Ordre du Mérite de la République fédérale d'Allemagne en 2004 et le Prix Park Kyung-ni en 2014.