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Né d'un père ouvrier agricole et d’une mère femme de ménage abandonnée bébé puis placée à l'Assistance publique{{,}}, Michel Onfray est « pris en charge » de 10 à 14 ans dans un pensionnat catholique tenue par des prêtres salésiens à Giel dans l'Orne qu'il décrit comme un lieu de souffrance — {{citation}} — dans la préface d'un de ses ouvrages, La Puissance d’exister et, également, de manière courte dans la préface de son Crépuscule d'une idole, l'affabulation freudienne.
En 1979, il devient stagiaire journaliste à la rédaction d'Argentan dOuest-France pour financer ses études. Il y reste jusqu'en 1982.
Élève entre autres de Lucien Jerphagnon et d'Alexis Philonenko, il soutient en 1986, à l'âge de 27 ans, une thèse de troisième cycle, intitulée « Les implications éthiques et politiques des pensées négatives de Schopenhauer à Spengler{{,}} » sous la direction de Simone Goyard-Fabre{{,}}, au centre de philosophie politique et juridique de l'université de Caen.
Il envoie son premier livre, consacré à la figure oubliée du philosophe nietzschéen Georges Palante, à un petit éditeur d'Ille-et-Vilaine.
En 1987, à 28 ans, il frôle la mort lors d'un infarctus. Sa rééducation au côté d'une diététicienne impitoyable qui lui prédit sa fin prochaine s'il persiste à se régaler de confits et de gâteaux au chocolat, sont à l'origine de son deuxième ouvrage, Le Ventre des philosophes, publié en 1989 par l'intermédiaire de Jean-Paul Enthoven chez Grasset (dans la collection « Figures » que dirige Bernard-Henri Lévy), dans lequel il s'intéresse aux passions et phobies alimentaires de ses auteurs favoris. Quelques années plus tard, il contracte une infection en Mauritanie qui provoque un AVC qui l'empêche d'écrire et provoque un nouvel accident cardiaque quelques jours plus tard (syndrome de tako-tsubo).
Il obtient en 1993 le Prix Médicis essai pour La Sculpture de soi. La morale esthétique. En 1991, il intègre le comité de rédaction de La Règle du jeu, la revue que vient de créer Bernard-Henri Lévy dans laquelle il publiera six articles. Il quitte celle-ci en 1998 alors qu'elle change de formule. Il affirmera n'être {{citation}} au comité de rédaction et ne pas s'y être senti {{citation}}. Plus globalement, il estime s'être {{citation}} et avoir été traité {{citation}}, avouant n’être « pas fier » de cet épisode.
Michel Onfray enseigne la philosophie au lycée technique privé catholique Sainte-Ursule de Caen de 1983 à 2002. Il critique l’enseignement de la philosophie tel qu’il est dispensé par l' Éducation nationale, qu’il juge limité à la transmission d'une histoire de la philosophie officielle et conforme à l'ordre social, plutôt que de se donner pour but d’apprendre à philosopher, vision contestée par de nombreux enseignants en exercice dans le secondaire. Il est aussi excédé par la dimension administrative et « policière » de sa profession (faire l'appel, noter les élèves). Il démissionne en 2002 de Sainte-Ursule pour créer l’université populaire de Caen. Il en écrit le manifeste en 2004 : La Communauté philosophique.
Pour donner une suite au choc du « 21 avril » 2002 (Jean-Marie Le Pen accède au second tour de l'élection présidentielle française), Onfray cherche à répondre à ce qu'il qualifie de nécessité d'éducation collective, qu'il veut libertaire et gratuite, à travers la création d'une université populaire. Faisant le choix délibéré de la province, il l'implante à Caen, dans sa région d'origine, où il organise chaque année le séminaire de philosophie hédoniste, qui constitue le corps de son projet de contre-histoire de la philosophie.
S'opposant à l'enseignement universitaire traditionnel et institutionnel de la discipline, il en affirme le caractère peu philosophique et essentiellement historique au fil de ses conférences. L'essentiel des reproches qu'il adresse aux philosophes institutionnels tient au fait que ceux-ci ne liraient pas les textes dont ils parlent et se contenteraient de faire des synthèses de publications antérieures, en citant des erreurs factuelles, de date par exemple, reprises d'article en article ou de manuel en manuel. Ce faisant, Onfray propose un enseignement renouvelé passant par la lecture des auteurs plutôt que par ce qu’on en a dit (et en dépit de ses bibliographies plutôt étoffées{{Référence nécessaire}}).
Ses cours de philosophie (la {{citation}}) sont diffusés chaque été sur la radio France Culture{{,}}.
L'université est organisée par l'association loi de 1901 Diogène & Co, qui n'a aucun adhérent. Son bureau est constitué de Micheline Hervieu, ancienne libraire d'Argentan, et de François Doubin, ancien ministre radical de gauche sous François Mitterrand et ancien maire d'Argentan. Son budget est d'environ 80 000 euros par an, provenant uniquement de subventions publiques jusqu'au début des années 2010. Le Conseil régional de Basse-Normandie ayant demandé à l'association de disposer de ressources propres, celle-ci a développé les ventes de produits dérivés. D'après Nicolas Chevassus-Au-Louis, cette association {{citation}}.
Le succès de l'université populaire conduit Michel Onfray à augmenter sensiblement ses passages dans les émissions des radios et télévisions, passant d'une vingtaine d'apparitions par an au mieux avant 2002, à une apparition minimum par semaine depuis.
Michel Onfray a également lancé en 2006 l’université populaire du goût (UPG) à Argentan, avec pour objectif initial de proposer une éducation à la gastronomie. Après 2012 et un conflit entre Michel Onfray et certains de ses collaborateurs, l'UPG devient finalement {{citation}} selon Nicolas Chevassus-Au-Louis. Elle s'est également délocalisée à Chambois, village natal de Michel Onfray.
Michel Onfray est de ceux qui estiment qu'il n’est de philosophie sans le bénéfice de la sociologie, des sciences et sciences humaines, dont la psychanalyse : {{citation}}
Ses écrits traitent de l'hédonisme, des sens, de l'athéisme. Le philosophe s'inscrit dans la lignée des penseurs grecs célébrant l'autonomie de pensée et de vie. Tout en prônant un athéisme sans concession, il considère que les religions sont indéfendables tant elles sont outils de domination et de coupure avec la réalité.
Michel Onfray se revendique d'une lignée d'intellectuels proches du courant libertaire parmi lesquels les philosophes cyniques (Diogène de Sinope), cyrénaïques (Aristippe de Cyrène) mais aussi d'une sensibilité transversale de toute l'histoire de la philosophie (les Frères du Libre-Esprit, les penseurs libertins, l’École de Francfort, etc.).
Il est membre du comité d'honneur de l'Association pour le droit de mourir dans la dignité (ADMD).
Michel Onfray tenait une chronique dans l'hebdomadaire satirique Siné Hebdo créé par le dessinateur Siné{{,}} et publié de 2008 à 2010. En revanche sa signature ne paraît plus dans Siné Mensuel, qui a pris la suite de l'hebdomadaire en septembre 2011.
Il dirige la collection La Grande Raison aux éditions Grasset–Mollat.