Rotraut Susanne Berner fait ses études de graphisme entre 1971 et 1975 à l’École supérieure des Arts et Métiers de Munich. De 1975 à 1977 elle travaille comme graphiste dans la publicité. De 1977 à 1988 elle travaille comme illustratrice et auteure à Munich, puis à Heidelberg de 1988 à 2003. Depuis 2003 elle est artiste indépendante à Munich.
Rotraut Suzanne Berner reçoit en 1984 le Deutscher Jugendliteraturpreiss de l'illustration (prix allemand de l’illustration jeunesse).
Ses livres les plus connus se déclinent en cinq titres (Wimmel-Bücher) : Winter-Wimmelbuch (Le Livre de l'hiver), Frühlings-Wimmelbuch (Le Livre du printemps), Sommer-Wimmelbuch (Le Livre de l'été), Herbst-Wimmelbuch (Le Livre de l'automne) et Nacht-Wimmelbuch (Le Livre de la nuit), dont l'histoire se déroule dans une petite ville fictive, Wimmlingen. La particularité étant que ce sont les mêmes personnages et la ville qui évoluent de tome en tome, par exemple on retrouve une femme enceinte dans le premier tome puis ensuite avec un enfant dans une poussette.
En 2007 une maison d'édition des États-Unis lui demande de publier son œuvre, mais en changeant des détails, en cause la représentation de la nudité (sur un tableau et une statuette dans le musée) qui risquait d'être un frein à la vente. Rotraut Suzanne Berner refuse de céder à la restriction des libertés artistiques. Ses livres seront finalement édités par la maison d'édition américaine Chronicle Books en automne 2008.
Elle devient éditrice en 2013, après le décès de son conjoint Armin Abmeier, de Die Tollen Hefte.