Marguerite Abouet naît en 1971 à Abidjan en Côte d'Ivoire. Elle passe douze ans de sa vie à Yopougon, un quartier aujourd'hui populaire d'Abidjan. Par la suite, elle s'inspire de cette période de sa vie pour ses scénarios de bande dessinée, d'abord pour Aya de Yopougon puis plus directement dans Akissi où les bêtises de l'héroïne sont directement inspirés de sa propre enfance.
Marguerite Abouet vient s'installer en France à l'âge de douze ans en même temps que son frère et leur grand-oncle. {{référence souhaitée}}. {{refnec}}
Pendant une période où elle vit dans une chambre de bonne, elle met par écrit des choses vues et entendues mais sans destiner encore ses écrits à la publication. Par la suite, en même temps qu'elle travaille comme assistante juridique à Romainville, près de Paris, elle écrit des romans pour jeunes adultes, une forme d'écriture très contraignante qui ne la satisfait pas à cause des modifications sans cesse imposées par les éditeurs. C'est la lecture des bandes dessinées de Marjane Satrapi qui l'intéresse à l'écriture de scénarios de bande dessinée.
Aya de Yopougon est sa première publication en tant que scénariste. La série relate le quotidien d'un groupe d'adolescentes dans le quartier de Yopougon à Abidjan, vers la fin des années 1970. Elle résulte de la volonté de Marguerite Abouet de donner à voir une représentation plus réaliste de la Côte d'Ivoire que l'image misérabiliste véhiculée par les médias européens. Le premier tome d’Aya de Yopougon est récompensé par le premier prix au festival d'Angoulême en 2006 et est un succès commercial avec plus de 350 000 albums vendus. La série comprend six tomes parus entre 2005 et 2010.
Marguerite Abouet arrête alors son métier d'assistante juridique et se consacre à l'écriture. En 2010, Marguerite Abouet scénarise Akissi, qui se déroule également à Yopougon mais met en scène les facéties d'une petite fille remuante.
Elle est mariée au dessinateur Clément Oubrerie, qui dessine notamment Aya de Yopougon{{refnec}}.
En 2011, Marguerite Abouet se lance dans la réalisation pour l'adaptation d’Aya de Yopougon en film d'animation, qu'elle coréalise avec Clément Oubrerie au sein d'Autochenille Production. Elle en écrit également le scénario et en conçoit la première maquette dessinée. Cette adaptation sort en juillet 2013.
Marguerite Abouet contribue occasionnellement au doublage de films d'animation. En 2011, elle prête sa voix au personnage de l'Africaine dans le long métrage d'animation Le Chat du Rabbin, de Joann Sfar et Antoine Delesvaux, adapté de la bande dessinée éponyme. En 2013, elle double les personnages de Fanta et de mère Mamadou dans le film d'animation Aya de Yopougon adapté de la bande dessinée.