Ilija Trojanow est issu d’une famille bulgare réfugiée en 1971 en République Fédérale d’Allemagne via la Yougoslavie et l’Italie. Elle obtint l’asile politique, puis partit en 1972 pour le Kenya, où le père exerça une activité d’ingénieur. Ilija Trojanow vécut jusqu’en 1984 à Nairobi, avec une interruption entre 1977 et 1981, années au cours desquelles il séjourna en Allemagne comme élève de l’internat de Marquartstein (Staatliches Landschulheim Marquartstein) en Bavière.
En dehors de ce séjour, il fut essentiellement formé à l’école allemande de Nairobi, où il obtint l’Abitur. Il vécut ensuite à Paris, puis étudia le droit et l’ethnologie de 1985 à 1989 à l'Université de Munich. Après avoir interrompu ses études, il fonda en 1989 le Kyrill-und-Method-Verlag (éditions Cyrille et Méthode), puis le Marino-Verlag en 1992, deux maisons d’édition spécialisées dans la littérature africaine. En 1999, il s’installa à Bombay et s’intéressa de près à l’Inde. De 2003 à 2007, il vécut au Cap. En 2007, il fut lauréat du prix littéraire Mainzer Stadtschreiber décerné notamment par la ville de Mayence. Il vit depuis 2007 à Vienne (Autriche).
Trojanow rédigea dans les années 1990 quelques ouvrages non-fictionnels et des guides touristiques sur l’Afrique. Il édita une anthologie de la littérature africaine contemporaine et traduisit des œuvres d’auteurs africains. En 1996, il publia son premier roman, Die Welt ist groß und Rettung lauert überall (Le Monde est grand et le salut nous guette partout), dans lequel il traite l’expérience de réfugiés et de demandeurs d’asile qu’il a vécue avec sa famille. Il publia ensuite le roman de science-fiction Autopol, élaboré sur l’internet sous forme de « novel in progress ». En 1999, il publia Hundezeiten (Années de chien), un reportage sur ses retrouvailles avec son pays natal, la Bulgarie (réédité en 2006 sous le titre Die fingierte Revolution. Bulgarien, eine exemplarische Geschichte, Un simulacre de révolution. La Bulgarie, une histoire exemplaire). Ilija Trojanow est depuis 2002 membre du PEN club d’Allemagne. En novembre 2007, Trojanow a enseigné la poétique à l’Université de Tübingen dans le cadre de la Tübinger Poetik-Dozentur, conjointement avec l’écrivain allemand d’origine turque {{Lien}}.