Il est le fils de Bernadette Menu. Quand il était petit, JC Menu rêvait d'être publié dans le journal de Spirou. Son héros récurrent : Lapot, pour lequel sera créé le Journal de Lapot (un recueil sera auto-édité plus tard en tant que mégalozine).
Au cours des années 1980, après être passé un temps par l'atelier de bande dessinée de l'ADAC, où il rencontre Stanislas Barthélémy, il fonde l'AANAL (Association pour l'apologie du neuvième art libre) avec déjà Mattt Konture et Stanislas. Cette petite structure édite les premières Patte de Mouche, ainsi que la revue Le Lynx, qui est directement issu d'un fanzine lycéen de JC Menu et P. Lamy (Le Lynx à tifs). Le Lynx accueille de nombreux auteurs aujourd'hui reconnus (Dupuy-Berberian, Jean-Claude Götting, Placid, Muzo, Max{{etc}}) et publie des articles polémiques, dénonçant avec férocité l'apathie du milieu de la bande dessinée des années 1980. Cette critique de l'académisme régnant se retrouvera dans l'organe du Festival Off d'Angoulême, Glob Off (ou Globov, ou Glauboff, ou Globof) les années qui suivent la fin du Lynx (1987).
Entre-temps, JC Menu s'est fait remarquer avec l'atroce personnage de Meder, dans le Psikopat. Il est édité dans la Collection X de Futuropolis par Jean-Marc Thévenet, avec son premier livre (non auto-édité), une aventure de Lapot : Le Portrait de Lurie Ginol. Quelque temps après, c'est Meder qui entre dans la collection Gros Nez, chez le même éditeur. JC Menu retrace cette période dans son mémoire de maîtrise d'arts plastiques, datant de 1988 : Journal d'une existence de Bande dessinée, dirigé par Bernard Teyssèdre.
En 1990, toujours chez Futuropolis, il collabore à la revue Labo, qui ne connaîtra qu'un numéro. Au sommaire de ce numéro, les futurs fondateurs de L'Association. Ce label, vraie continuation de l'Aanal, se créera quelques mois plus tard, avec autour de JC Menu, Mattt Konture et Stanislas, David B., Killoffer, Lewis Trondheim et Mokeït. Peu de livres voient le jour, faute de moyens, mais chacun est un évènement : Le Cheval Blême, Les Carottes de Patagonie, etc. Entre temps naîtra sa fille, Raphaëlle.
Dans cette logique d'exploration du médium bande dessinée (ou figuration narrative), JC Menu et Lewis Trondheim publient Moins d'un Quart de seconde pour vivre, ou comment écrire cent strips à partir d'une huitaine de cases. Ce livre prélude à la fondation de l'Ouvroir de Bande Dessinée Potentielle (Oubapo, pendant de l'Oulipo de Raymond Queneau et Georges Perec) au sein de l'Association en 1992. JC Menu en est le président.
Véritable fer de lance de l'autobiographie en bande dessinée, avec L'Ascension du Haut Mal de David B., Livret de Phamille de JC Menu ou le Persepolis de Marjane Satrapi, L'Association tente surtout, à travers les choix de maquettes et de conception de Menu de se démarquer du standard BD, l'album de 48 pages cartonné en couleur, qui est un format purement européen, et qu'il faut selon JC Menu dépasser. Toujours dans cette optique, L'Association organise un des plus grands évènements éditoriaux en bande dessinée : la rencontre de près de trois cents auteurs, au sein d'un seul ouvrage en bande dessinée, entièrement muet (sa lecture est donc universelle) : Comix 2000 qui sort à la fin de l'année 1999.
En 2001, JC Menu a créé sa propre structure, « JC Menu Éditeur », afin d'être indépendant du collège des fondateurs de l'Association dans ses décisions. Ce label publiera un seul album, le luxueux Carnet, de Jacques Tardi, qui sera trop coûteux et ne trouvera pas le public attendu.
En 2003, JC Menu signe la conception graphique des livres publiés par Joann Sfar chez Bréal Jeunesse.
Début 2005, JC Menu a publié Plates-bandes, un pamphlet sur le marché français de la bande dessinée et les dérives dont elle est selon lui victime. Il dénonce la vulgarité et le formatage des productions des gros éditeurs, ainsi que leur tendance à la récupération : Menu estime qu'ils empiètent sur le secteur des indépendants, sans proposer de vraie alternative, juste des déclinaisons affadies des grandes créations.
À partir de 2005-2006, L'Association est orpheline de plusieurs de ses créateurs et/ou auteurs les plus connus : David B., Joann Sfar, Lewis Trondheim et Guy Delisle ont en effet annoncé ne plus vouloir éditer au sein de la structure qu'ils avaient aidé à imposer. Sans véritable raison officielle, il apparaît pourtant que d'importantes divergences de vues entre Menu et ses comparses ont eu raison de leur cohésion. De même, la possibilité leur est désormais offerte de proposer leurs œuvres avec une liberté éditoriale complète chez des maisons d'édition plus « grand public » (Dargaud et sa collection Poisson Pilote, notamment, mais aussi Futuropolis pour David B. et Delcourt pour Lewis Trondheim). Début 2011, l'éditeur affronte une grève des salariés et des assemblées générales houleuses et le 23 mai 2011, Jean-Christophe Menu annonce qu'il quitte l'Association et il sera remplacé par des cofondateurs de retour : David B., Killoffer, Lewis Trondheim.
Menu est par ailleurs devenu régent de Magirosophie du Collège de 'Pataphysique et est actionnaire de l'hebdomadaire Le Tigre.
Le 8 janvier 2011, Jean-Christophe Menu soutient sa thèse La Bande dessinée et son double à l'Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne, devant un jury composé de Thierry Groensteen, Pierre Fresnault-Deruelle, Jacques Cohen (directeur de thèse), René Schérer et Emmanuel Souchier. À l'issue de cette soutenance, où de nombreux points positifs comme négatifs sont dégagés par le jury, il obtient un doctorat en art et sciences de l'art avec mention très honorable avec félicitations unanimes du jury.
Le 23 août 2011, dans un message repris sur le blog anglo-saxon Comix influx, Menu annonce un projet de nouvelle maison d'édition L'Apocalypse, dont les premiers livres sortent en septembre 2012.
Entrée de l'exposition au Festival d'Angoulême 2016.
En 2016, le Festival d'Angoulême lui consacre une exposition afin de rendre hommage à son activité d’éditeur, d’auteur et de critique.