Alan Lee est né en 1947 dans le Middlesex, en Angleterre. Il se tourne très jeune vers l'illustration et va étudier cette discipline à l'{{lang}}. En 1975, il part s'installer au Dartmoor dans le Devon. Ses illustrations s'inspirent beaucoup des travaux d'Arthur Rackham et de {{précision nécessaire}}, mais aussi des années 1950 et 1960.
Malgré des études tournées vers l'illustration, avant 1978, Alan Lee était plus orienté vers l'édition et l'art commercial. Après 1978, Alan Lee fait de nombreuses illustrations de roman féerique, comme {{lang}} (avec Brian Froud), {{lang}} par Robert Holdstock, {{lang}}, {{lang}}, {{lang}}… Plus tard, Alan Lee se passionne pour les œuvres de {{nobr}} ; à l'occasion du {{nobr}} de la naissance de l'écrivain, il illustre les couvertures des rééditions du Seigneur des anneaux et de Bilbo le Hobbit, ainsi que le calendrier Tolkien 1993. Ensuite, il s'attaque à deux grands classiques : l'illustration de l'Iliade et l'Odyssée respectivement en 1993 et 1995.
Toujours passionné par Tolkien, il accepte de travailler avec John Howe sur le film de Peter Jackson : la trilogie du Seigneur des anneaux, et il y illustrera les objets, les décors, et {{référence nécessaire}} Brian Sibley « lui et John Howe donneront le look du film et matérialiseront la vision de Peter Jackson ».
Le travail d'Alan Lee lui a permis de recevoir de nombreuses récompenses : en 1993, il reçoit la médaille de Kate Greenaway pour l'illustration {{lang}} ; en 1998, il obtient le prix World Fantasy et enfin, en 2004, Alan Lee reçoit son premier Oscar de la meilleure direction artistique pour son travail sur le troisième volet du Seigneur des anneaux.
À chaque fois qu'il a du temps libre, Alan Lee retourne dans le même petit village du Dartmoor. Ses centres d'intérêt sont les mythes et légendes, la littérature, la musique, la poésie, mais aussi l'archéologie.
En 2005 est sorti au Royaume-Uni son dernier livre Cahier de croquis du Seigneur des anneaux - traduit en français l'année suivante (Christian Bourgois éditeur).