Son véritable nom est Aidan Murphy, mais étant donné qu'un ancien joueur de football britannique portait déjà ce nom, Aidan a opté pour le nom de famille de sa mère : Gillen.
Il est connu pour son rôle de Bill Wilson, agent de la CIA, dans le film de Christopher Nolan, The Dark Knight Rises, mais aussi Stuart Alan Jones dans la série britannique Queer as Folk, celui de Thomas "Tommy" Carcetti dans la série Sur écoute, ainsi que pour le rôle de Petyr Baelish (surnommé Littlefinger) dans la série Game of Thrones.
Il présente actuellement l'émission musicale Other Voices, diffusée en Irlande.