Michael Ende naît le {{date}} à Garmisch-Partenkirchen en Bavière. Il est le fils d'Edgar Ende, peintre surréaliste, et de Luise Bartholomä, bijoutière.
En 1948, Michael Ende entre à l'Otto-Falckenbergschule à Munich, où il entame une formation d'acteur ; par la suite, il joue dans plusieurs pièces de théâtre. En 1953, les parents de Michael Ende se séparent. En 1954, Ende travaille comme critique de cinéma pour Bayerischer Rundfunk. Dans le même temps, il écrit des sketches et des chansons pour des cabarets politiques.
En 1956, sa carrière d'acteur s'effondre et il traverse une période de doute et de remise en question. Il écrit sans trop y croire Jim Bouton et le chauffeur de locomotive, qui est refusé par plus d'une dizaine d'éditeurs, puis finalement accepté par les éditions Thienemann, qui le publient en 1960. Le livre reçoit le Deutschen Jugendbuchpreis (Prix allemand du livre pour la jeunesse). Ende écrit une seconde aventure de Jim Bouton, Jim Bouton et les Terribles 13, qui paraît en 1962.
En 1964, Michael Ende épouse l'actrice Ingeborg Hoffmann. Par la suite, le couple part s'installer en Italie. En 1965, Edgar Ende, le père de Michael, décède. Luise Bartholomä, mère de Michael, décède huit ans plus tard en 1973, à l'âge de 81 ans.
En 1966, Michael Ende entreprend la rédaction de Momo, qui paraît six ans plus tard, en 1972 et remporte un prix allemand et un prix européen de littérature pour la jeunesse. L'année suivante, Ende réalise un livret d'opéra adapté du roman, sur une musique de Mark Lothar. En 1976, Ende compose à nouveau une pièce de théâtre, Das Gauklermärchen.
En 1979 paraît L'Histoire sans fin. Un projet de film est lancé peu après par Wolfgang Petersen. Lorsqu'il voit le film terminé en 1984, Michael Ende le déteste, et, furieux, réclame et obtient que son nom soit retiré du film.
En 1985, Ingeborg Hoffmann meurt d'une embolie pulmonaire. Michael Ende repart alors s'installer à Munich.
En 1986, l'adaptation cinématographique de Momo sort sur les écrans.
En 1989, Michael Ende se remarie avec Mariko Sato, traductrice et auteure de la traduction japonaise de L'Histoire sans fin.
En 1994, Ende subit une opération chirurgicale pour un cancer de l'estomac, et doit interrompre son travail en cours, Mamonella oder der Geist in der Flasche. Michael Ende meurt le 28 août 1995 à Stuttgart, d'un cancer de l'estomac.