Il commence le théâtre en 1968, au Théâtre d'essai d'Aix-en-Provence. Entre 1970 et 1977, il est un des piliers du théâtre du Soleil que dirige Ariane Mnouchkine où il participe aux spectacles 1789, 1793 et l'Âge d'or comme acteur-improvisateur, puis au film Molière dont il joue le rôle titre et au Dom Juan du même auteur, qu'il joue et met en scène, avant de choisir de voler de ses propres ailes.
Après un passage à l'Atelier théâtral de Louvain-la-Neuve, dirigé par Armand Delcampe en 1978-79, où il joue Lorenzaccio d'Alfred de Musset au festival d'Avignon et Les Trois Sœurs de Tchékhov dans une mise en scène d'Otomar Krejča, il se tourne vers l'écriture. Partant d'improvisations autobiographiques dirigées par Jean-Pierre Tailhade et de Clémence Massart, il crée en juillet 1981 au Festival d'Avignon La Danse du diable, une "pièce comique et fantastique" sur sa mère et son enfance marseillaise.
Le Roman d'un acteur, auquel il consacrera les 10 années suivantes, est une œuvre autobiographique monumentale, qu'il écrit, met en scène et joue avec la collaboration de Clémence Massart, Véronique Coquet (avec laquelle il fonde en 1985 la société de production La Comédie nouvelle) et Pascal Caubère (son frère). Composée de onze spectacles de 3 heures chacun, elle raconte la vie du jeune Ferdinand Faure - alter ego de Caubère - depuis son arrivée au théâtre du Soleil jusqu'à sa décision d'écrire et de produire lui-même ses spectacles.
L'auteur Caubère ne renie pas les influences de Proust et de Céline, ni celles de la commedia dell'arte et de Fellini : l'ampleur de l'œuvre, le monde qu'elle met en scène (les années 1950 à 70), la multitude de personnages peuvent donner le vertige, surtout lorsqu'on songe qu'après avoir créé les spectacles au fur et à mesure, de 1981 à 1993, il les a ensuite joués en même temps au rythme d'un par jour. Cela suppose de posséder, outre les déplacements, les effets de mise en scène et les voix et attitudes de tous les personnages, près de 36 heures de texte en mémoire. Mais Le Roman d'un acteur est plus qu'un simple marathon théâtral. Le ton de ses spectacles oscille, dit-il, « entre Tintin et la recherche du temps perdu » et passe du comique burlesque au pathétique.
{{refnec}}Mais il exerce également en tant qu’auteur et metteur en scène. En 1999, il publie chez Denoël Les carnets d'un jeune homme 76/81 qui retracent au jour le jour la genèse de l'œuvre ; ceci après avoir mis en scène et joué Aragon (en deux parties, Le communiste et Le fou) en 1996 ; comme il créera en 2003 Recouvre-le de lumière d'Alain Montcouquiol et Urgent crier ! d'André Benedetto en 2011.
En 2000, vingt ans après le premier spectacle, Philippe Caubère remet sur le métier l'œuvre-matrice, La Danse du diable, en repartant des improvisations de l'époque, pour faire de ce spectacle de 3 heures un nouveau cycle, L'Homme qui danse, comprenant cette fois huit spectacles de 3 heures chacun, dont les deux derniers, La Ficelle et La Mort d'Avignon, constituent, de son propre aveu, l'épilogue à une "autobiographie théâtrale, comique et fantastique".
Le 14 avril 2011, en réaction à un projet de Roselyne Bachelot, ministre des Solidarités et de la Cohésion sociale, visant à réprimer les clients de personnes prostituées, il publie dans le quotidien Libération une tribune libre intitulée Moi, Philippe Caubère, acteur, féministe, marié et "client de prostituées" dans lequel il dénonce un texte "attentant de plein fouet aux libertés publiques", voulant « pointer le retour de l'ordre moral » tout en précisant qu'« Il faut évidemment régler le problème des réseaux de prostitution ». Il est alors invité sur différents plateaux de télévision pour exposer son point de vue.
En 2012, il crée Marsiho d'André Suarès, deuxième spectacle du Sud (après Urgent crier !).
En juillet 2013, il condamne, dans le quotidien Libération, la politique menée par la ministre de la Culture et de la Communication, Aurélie Filippetti, notamment le limogeage de différents directeurs d'institutions culturelles. En octobre 2013, il fait partie des 19 signataires de « Touche pas à ma pute ! Le manifeste des 343 "salauds" » pour protester contre les sanctions qui pourraient toucher les clients des prostituées.