En 1960, Étienne Balibar est reçu à l'École normale supérieure, où Louis Althusser aura une influence déterminante sur lui. En 1961, il est opposé à la guerre d'Algérie et adhère au Parti communiste dont il sera exclu en 1981 à la suite de la publication d'un article De Charonne à Vitry dans le Nouvel observateur. Il obtient une licence de philosophie à la Sorbonne, suivie l'année suivante d'un diplôme d'études supérieures, sous la direction de Georges Canguilhem. Le fait d'être marxiste, en philosophie, se définit pour lui comme un questionnement à l'égard de la philosophie.
En 1964, il est reçu premier à l'agrégation de philosophie (devant son camarade Rancière) et commence à enseigner. Son premier poste l'amène à l'Université d'Alger (Algérie), où il est assistant en tant que volontaire pour la coopération, de 1965 à 1967.
En 1982, il crée avec Dominique Lecourt la collection « Pratiques théoriques » aux Presses universitaires de France.
Étienne Balibar est le mari de la physicienne Françoise Balibar et le père de l'actrice Jeanne Balibar.
Il est membre du comité de parrainage du Tribunal Russell sur la Palestine dont les travaux ont commencé le 4 mars 2009 et un militant depuis des années de la cause palestinienne.
Étienne Balibar est activement engagé en faveur des immigrés clandestins qu'il désigne sous le terme de « prolétaires au sens strict ». Il défend le droit de cité des étrangers en Europe soutenant que la « frontière est, comme l'armée ou la police, une institution non démocratique qui accompagne paradoxalement la souveraineté du peuple ».