Alexandre Afanassiev naît le 11/23 juillet 1826, à Bogoutchar, près de Voronej. Il fréquente le lycée gymnasium de Voronej, avant d'aller étudier le droit à l'université de Moscou, où il assiste aux cours des historiens Constantin Kaveline et Timofeï Granovski. Alexandre Herzen. Dessin (1895) de Félix Vallotton. Dès 1847, alors qu'il est encore étudiant, il collabore à plusieurs périodiques dont Le Contemporain et Les Annales de la Patrie. Il publie entre autres une série d'articles sur la vie littéraire au {{s}}, et notamment sur Antioche Cantemir, Nikolaï Novikov et Denis Fonvizine, ainsi que plusieurs articles traitant de l'histoire du droit et de la littérature.
En 1849, Afanassiev est nommé conservateur des Archives moscovites du Ministère des Affaires étrangères, poste qu'il occupe jusqu'à ce que, en 1862, il ne soit contraint de l'abandonner après les remous causés par la publication de ses Légendes religieuses populaires russes.
Il appartenait à la mouvance d'Alexandre Herzen, de tendance progressiste et, notamment pour cette raison, il fut victime de censure de la part des autorités.
Atteint de tuberculose, Afanassiev termine sa vie dans la pauvreté, étant même contraint de vendre sa bibliothèque pour s'acheter de quoi se nourrir. Il meurt le 23 septembre/5 octobre 1871, âgé de quarante-cinq ans, à Moscou, où il est inhumé.