Pierre Assouline passe sa prime enfance à Casablanca puis rejoint la France et suit des études secondaires au cours Fidès et au lycée Janson-de-Sailly à Paris. Il fait ses études supérieures à l'université de Nanterre et à l'École des langues orientales, puis devient journaliste.
Il travaille d'abord pour des agences (Apei, Asa Press, Fotolib) avant d'entrer aux services Étranger du Quotidien de Paris (1976-1978) puis de France-Soir (1979-1983), tout en enseignant au Centre de perfectionnement des journalistes et en collaborant à la revue L'Histoire (1979).
À partir des années 1980, il se rapproche du milieu littéraire, devenant conseiller littéraire des éditions Balland (1984-1986) et écrivant plusieurs livres sur l'histoire culturelle récente, à commencer par une biographie de Gaston Gallimard (1984). Il entre comme rédacteur au magazine Lire en 1985 et y devient directeur de la rédaction en 1993.
Il travaille aussi à la radio, sur France Inter (1986-1990), RTL (1990-1999), ponctuellement sur France Culture, est chroniqueur au Monde 2, critique pour Le Nouvel Observateur, et membre du comité de rédaction du mensuel L'Histoire.
Il est chargé de conférence à l'Institut d'études politiques de Paris, pour le cours de lecture/écriture en première année et à l'école de journalisme de cet institut{{,}}.
Il intègre l'académie Goncourt le 11 janvier 2012 pour y siéger en tant que juré au couvert de Françoise Mallet-Joris.
Il est membre du « comité culturel » de la maison de vente Artcurial, du Cercle de l'Union interalliée et du club Le Siècle.
C'est par son travail de lobbying auprès des conseillers du maire de Paris{{,}} que la rue Sébastien-Bottin prend le nom de rue Gaston-Gallimard.
Son blog, intitulé La République des livres, est centré sur la littérature, l'actualité littéraire et la critique de livres. Hébergé par lemonde.fr, ce blog a été pendant quelques mois l'un de ceux les plus consultés du web francophone en matière d'actualité littéraire.
L'article du 9 janvier 2007 dénonce, à la suite d'un article de Daniel Garcia (blog Livres Hebdo) le 30 novembre, la présence dans la bibliographie de la page « Affaire Dreyfus » de Wikipedia d'un ouvrage antidreyfusard placé depuis le 14 juillet 2006 en tête de liste.
Le blog La République des livres a quitté la plate-forme du journal Le Monde le 26 novembre 2012 pour être hébergé sur son propre serveur, en conservant la même formule, et en s'ouvrant à d'autres critiques littéraires ainsi qu'aux traducteurs.